故事产生在悠远的将来，残虐的异生兽给人类的安然带来了重大的困扰，为了抵抗异兽的打击，日本当局成立了防卫构造TLT，其中，夜袭队拥有着最壮大的实力和最微小的武器，是整个构造内部的中坚实力。　　然而，面临经由了进化的新型异生兽，夜袭队亦一筹莫展，在这个节骨眼上，光之伟人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在…

在行星布拉姆附近忽然出现了一个神秘的人造天体，它吸收了所有的宇宙机械人并制作出了最强的超等机械人军团。为了阻拦它，赛罗奥特曼与镜子骑士、红莲火焰和詹伯特联手对敌。

故事产生在与伯利亚银河帝国的战役竣事一年后，塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻拦天体的运转，并结识了新的伙伴詹奈，他们一起踏上了新的战役旅程。