工藤新一是全国著名的高中生侦察，在一次清查黑衣人犯法团伙时不幸被团伙成员发明，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了时常援助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少特务武器。为了避免犯法团伙对他举行报复，新一决定隐姓埋名，阴郁清查他们，停整理能获取解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻觅男朋友的下落…