在一段晦暗的日子里，云隐、雾隐和岩隐的忍者接连遭到神秘忍者的攻击，而从这些地方发来的通缉令全数指向了木叶村的漩涡叫人（竹内顺子 配音）。叫人合家莫辩，最终被五花大绑，投进了“血狱”鬼灯城。鬼灯城地处大海中央的孤岛之上，周围惊涛骇浪，怒浪滔天，小岛峭壁峭壁，步地邪恶。此处囚禁着或罪孽极重沉重或忠义至上的上忍，加上城主无为…

履历了屡次战争的人类，将大批科技封印。主人与超才能少女——乙HiME的契约模式，成为了列国珍爱本人的唯一选择。　　胡想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男人布鲁斯•瓦尔斯与家丁莱娜•尤奈妮亚将少女从可骇份子手中救下。解救任务的成功，全拜乙HiME的介进所赐。可是，这少焉的和平没有保持多久。可骇份子构造着下一次绑…